1、定位不同。公众号服务于营销与信息传递，小程序面向产品与服务。

公众号主要用于信息的传递实现人与信息的连接，借助H5 能够实现简单的交互，主要以营销和信息传递为主简单的服务为辅，而小程序从功能上与公众号有严格区分，包括不支持关注、消息推送等营销手段，一方面使得产品与服务不至于淹没在公众号营销信息中，另一方支持公众号、朋友圈、群与小程序之间的互动与导流，使得开发者专心做产品与服务，从而为微信带来大量长尾服务叠加微信自身重度服务打造从社交到信息连接再到服务的生态圈。

2、实现技术区别。公众号基于H5，小程序基于微信自身开发环境与开发语言。

小程序是微信内的云端应用，所以无需安装。不是原生App，但实现了接近原生APP 的体验。公众号是基于传统H5 开发与运行，传统H5 运行环境是浏览器，微信小程序运行环境并非完整的浏览器，开发过程中用到H5 相关的技术，微信小程序的运行环境是微信基于浏览器内核完全重构的一个内置解析器，针对小程序专门做了优化，配合自己定义的开发语言标准（基于H5 进行了优化），提升了小程序的性能。

3、体验上的差别。公众号操作延时较大，小程序体验接近原生App。

公众号中点击应用功能后顶部出现绿色进度需要等一段时间，对于业务逻辑复杂交互要求高的应用使用起来体验较差。而小程序将会非常流畅几乎无需等待，类似普通APP 操作一样流畅。

4、运营方面。公众号偏向长线运营，小程序偏向短线运营。

都知道微信公众号是基于粉丝运营的，不管是原创文章，还是搞各种营销活动，无非是为了吸引用户关注，然后再想法子转化他们，引导他们在商城里面消费。所以做了微信商城的用户做一个商城只是开始，后期需要想法设法吸引别人关注，其实这个也不是很大的问题，基本上做一场活动，让一次利就能吸引不少人，问题是关注后这些人绝大部分后来成为僵尸粉，或者取消关注了，所以运营对于商家来说是个头疼的问题。微信小程序很简单粗暴，就是基于用户的使用和消费场景，如用户需要购买什么东西，刚好有个对应的小程序出现，交易就能达成，省却了中间所有的环节，不需要运营者绞尽脑汁的吸引关注。